从企业核心能力成长、组织学习以及知识管理的角度来看，虚拟企业在鼓励和效率方面具有一定的优势地位，但是其中又存在着一定的弱点。在激励增加的同时风险也会随之增大，并且伴随时间的推移及范围的扩大，通过市场调节的效率会逐步降低，更重要的是，导向那种过分依赖虚拟企业的组织创新，有可能会对企业固有的组织学习机制和知识共享机制造成不利影响，进而对企业核心能力的培养产生影响。因此，在企业努力寻求市场关系以代替原有的组织关系来增加组织的柔性和灵活性的同时，也会很容易使另一种柔性和灵活性降低，即来自组织视野的认同和组织学习的柔性和灵活性。企业外部环境的变化总是通过各种途径显示出来的，并且这种变化更多的是通过企业的文化子系统或者隐含的学习过程表现出来，而且这种变化更多的是通过企业的文化子系统或者隐含的学习过程表现出来，并且会在整个企业系统内进行传递。假如过分关注虚拟化而忽略企业核心能力的完整性，将会同核心能力有关的辅助或次要功能市场化，那么，以文化为纽带的次级子系统和非正规调节子系统就会失去或难以发挥其应用的作用，造成创新过程中学习循环的中断，这将对组织知识的有效积累产生严重影响。这种情况的出现，在某种程度上在于忽略了企业组织创新的隐过程，仅仅将组织创新视为结构或战略的调整。因为，即使将结构同战略联系起来，从战略联盟的角度来看从战略联盟的角度来考虑虚拟企业的创新过程，往往也仅是从操作字系统和正规调节子系统出发，侧重于产品和技术战略来进行有关导向于虚拟企业的结构调整，而没有从与文化子系统乃至组织视野相结合的角度，来全面考察战略、结构和文化的创新过程和孕育其中的学习过程和知识管理过程，以及它们同企业核心能力之间的关系。

因而，目标在于建立虚拟企业的组织创新决策，应根据虚拟企业主要是一种以技术为核心的战略联盟的特点，有针对性地分析企业拟通过虚拟企业进行的技术创新的类型和企业学习机制的特点，进而决定企业的虚拟程度。

在以事业部为目标组织模式的组织创新过程中存在着类似的问题。人们在把事业部作为继集权的职能结构之后出现的一种组织结构形式的同时，也同样忽略了事业部所具有的战略和文化意义。因而，在实际的组织创新过程中，就不可避免地只看到作为一种结构的事业部的分散化或分权所带来的准市场激励和由此而来的效率，而忽视了导向事业部的组织创新有可能造成的学习循环的终端、组织学习和知识共享机制的破坏。与目标为虚拟企业的组织创新相类似，事业部本质上也是要利用市场或准市场关系来替代系统的组织关系。这里也同样遇到文化、尤其是组织视野的整体性问题，而正是这种整体性最终制约着核心能力的成长。假如不注意文化的整体性以及相应的组织创新的隐过程，事业部势必会造成资源、主要是关键人力资源的部门分割。一旦作为核心能力载体的关键人力资源被分割在不同的事业部而缺少有效的流动和交流，那么，企业连续的学习循环将被中断，而有效的组织学习和知识共享机制也会受到威胁，这最终会严重影响到企业核心能力的成长。鉴于此，目标模式为事业部的组织创新鞠策和管理，同样应该特别注意对组织创新过程的分析，着眼于知识管理，建立信息网络和知识共享机制，并强调一种超越于各个事业部之上的整体组织学习，以使企业核心能力的成长