种种迹象表明，中国智库正迎来有史以来最好的时代机遇，但也面临着巨大挑战，且存在着不少发展缺失与认识不足。  

　　从属性定位上看，智库对咨询公司、学术机构与自身的概念差异仍然认识不清。咨询公司受雇于委任方，绝对为后者效力，运作模式完全商业化，而智库则应是社会公器，为决策者提供咨询，但未必与决策者想要的结果一致；学术机构注重学理创新，偏于基础研究，而智库注重政策研判，长于应用研究。在中国，名称带“研究”字样如“研究院”、“研究中心”等至少有20万家以上，大多属于由财政拨款、有人事编制、以学术特质运营的学术研究机构，但智库本质上是“思想工厂”，需要有基于现实议题的思想生产、组装、销售与反馈的复合功能以及相关架构。在这个架构中，引入市场竞争机制、增加政策研究的活力，显得非常重要。在思想生产机制相对发达的国家，“为了商业”、“为了学术”与“为了政策”是咨询公司、学术机构、现代智库相对清晰的三类功能，中国切不可混为一谈。  

　　从价值立场上看，智库对如何建设中国特色社会主义事业的国家忠诚度仍然不够。国内研究通常认为，智库必须独立。这有一定道理。但一些人将“独立”引申为，智库必须批判，甚至反对目前的中国特色社会主义道路与当下政府。那就理解错了“智库”本意。欧美智库提倡的“独立性”，指的是基本立场相对于民主党或共和党的“独立”，学理逻辑与论证的客观，以及他们在出台政策报告过程中保持一定的独到观点。欧美智库不会刻意与政府保持距离，反而时刻展示自己与政府具有如何紧密的关系，甚至“炫耀”其成员通过“旋转门”进入或来自政府，有的资金大量来自政府，如知名美国智库战略与国际研究中心（CSIS） 2012年度预算中21%来自政府。实际上，美国智库的研究产品最终指向是希望影响政府与改变政策。可见，中国特色新型智库建设，既要防止“独立性”的误解而出现与政府“对立化”趋势，也要避免仅为政策出台做注脚的“迎合化”倾向。

　　从跨国互动上看，智库国际化的进程还远远不够，无法为中国参与更多的全球事务提供足够的思想支撑。中国智库尚未形成走出国门的全球组织力，对各国情况的了解相当有限，对一些中等强国的了解与跟踪严重稀缺，如对乌克兰、土耳其、尼日利亚、委内瑞拉等区域大国的把握相当不足，以致于中国对上述国家变局的把握与政策应对常常显得捉襟见肘；中国智库也还没形成主导他国的国际感召力，缺乏构建全球对话领衔平台的必要实力。当下全球最著名的论坛，如达沃斯论坛、香格里拉论坛、全球财富论坛等，背后都是美欧一流智库和相关机构在主导；中国智库尚未形成干预全球的话语塑造力，无法主动构建国际主流舆论与设置重大国际议程，还无法创造出令各国争相讨论的重大战略名词或学术理念。欧美一流智库几乎每隔一段时间就会抛出一些新词汇或新议题，诸如历史终结、金砖国家、利益攸关方、G2、巧实力、财政悬崖、笨猪五国、中国威胁论等，中国智库往往只能跟随讨论，或被动反驳，穷于应付。  

　　从人员培养上看，中国智库尚未形成完整的人才培养土壤，既未能为政府孕育足够多的后备精英，也没有形成对国际组织的人才输送力。相比之下，欧美国家智库的荐才聚贤即“旋转门”机制已相当成熟，欧美国家多数资深智库学者都有政府高官的经历，深谙决策进程与政治规则，相比之下，中国智库学者的履历往往逊色很多。更重要的是，欧美国家还善于往重要国际组织输送人才，欧美人目前仍然是主要国际组织领导人的绝对垄断者，且那些欧美精英几乎都有在一流智库或相关机构工作学习过的经历，出任要职后仍与曾工作的智库之间形成良好互动，相互烘托。这些都是欧美国家依然主导国际体系运行的重要原因。